ด้วยคณะกรรมการบริหารกิจการของสมาคมประกอบด้วยสมาชิกสามัญจำนวนไม่ต่ำกว่า 15 คน แต่ไม่เกิน 25คน ดำรงตำแหน่งนายก อุปนายก เลขาธิการ รองเลขาธิการ เหรัญญิก ปฏิคม ประชาสัมพันธ์ นายทะเบียน และตำแหน่งอื่นๆ ที่เห็นสมควร ให้คณะกรรมการบริหารอยู่ในตำแหน่งคราวละ 2 ปี และมีสิทธิเป็นคณะกรรมการต่อไปอีกและให้นายกสมาคมอยู่ในตำแหน่งติดต่อกันได้ไม่เกิน 4 ปี ถ้าตำแหน่งกรรมการบริหารว่างลงก่อนถึงกำหนดตามวาระ ให้นายกสมาคมแต่งตั้งสมาชิกสามัญขึ้นเป็นกรรมการในตำแหน่งที่ว่างนั้น แต่ให้อยู่ในตำแหน่งได้เพียงเท่าอายุของกรรมการบริหารชุดนั้น คณะกรรมการมีหน้าที่ดำเนินกิจกรรมให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสมาคม ให้คณะกรรมการประชุมที่ปรึกษากิจการของสมาคมอย่างสม่ำเสมอ ปีหนึ่งไม่น้อยกว่า 6 ครั้ง และการประชุมทุกครั้งจะต้องมีกรรมการมาประชุมไม่น้อยกว่าครึ่งหนึ่ง จึงจะเป็นองค์ประชุม และต้องมีรายงานการประชุมทุกครั้ง มติของคณะกรรมการให้ถือคะแนนเสียงข้างมากเป็นเกณฑ์ นายกมีสิทธิออกเสียงในฐานะเป็นกรรมการผู้หนึ่งได้ ถ้าคะแนนเสียงเท่ากัน นายกสมาคมมีอำนาจชี้ขาด ดังแสดงในแผนผังแสดงการบังคับบัญชาด้านล่างนี้

 ทำเนียบนายกสมาคมเคมี

	ศ.ดร.กำจร มนูญปิจุ	พ.ศ. 2523-2531
	ดร.เจริญ วัชรรังษี	พ.ศ. 2532-2533
	ดร.ภิญโญ พานิชพันธุ์	พ.ศ. 2534-2535
	ดร.ประพิณ วิไลรัตน์	พ.ศ. 2536-2537
	รศ.ดร.พิมล เรียนวัฒนา	พ.ศ. 2538-2541
	ดร.สุรพล ภัทราคร	พ.ศ. 2542-2543
	ศ.ดร.อุดม ก๊กผล	พ.ศ. 2544-2545
	ดร.ธีรวัฒน์ มงคลอัศวรัตน์	พ.ศ. 2546-2547
	ดร.พิชัย โตวิวิชญ์	พ.ศ. 2548-2550
	รศ.ดร.ศุภวรรณ ตันตยานนท์	พ.ศ. 2550-ปัจจุบัน

คณะกรรมการบริหารสมาคม (พ.ศ. 2552-ปัจจุบัน)

คณะกรรมการบริหารสมาคม (พ.ศ. 2550-2551)